延暦寺は天台宗総本山寺院で，境内は比叡山上の東塔，西塔，横川の三塔，山麓の坂本に展開し，元亀２年（1571）の織田信長による焼き討ち後，豊臣秀吉からの寄進を契機に諸堂が再建された。文殊楼は上層内部に仏堂としての構えをもつ二重門である。浄土院は開祖最澄を祀る一郭で，華やかな意匠の御廟や大型の拝殿など，開祖の廟所らしい荘厳な境域を創出する。四季講堂は伝統的な平面構成と近世的な装飾美を兼備した堂で，御廟拝殿とともに横川における元三大師信仰の中枢を担う。天海を祀る慈眼堂は重厚な趣の禅宗様仏殿で，坂本の中核をなしている。
これらの１７世紀に三塔及び坂本で整備された堂舎群は，いずれも優秀かつ特徴的な意匠を備えており，比叡山全域における江戸時代前期再興の様相を示すものとして，高い歴史的価値を有している。